A Dra. Agathoniki Tsilipakou nasceu em Tessalónica. Licenciou-se no Instituto e Escola Secundária Alemã de Salónica (1984). É licenciada pelo Departamento de Arqueologia da Escola de História e Arqueologia da Faculdade de Filosofia da Universidade de Ioannina (1988), graças a uma bolsa da Fundação de Bolsas de Estudo do Estado, e em Filologia Alemã pela Faculdade de Filologia Alemã da Universidade Aristóteles de Salónica (1992).
Em 1993, obteve o grau de Mestre no Departamento de Arqueologia da Escola de História e Arqueologia da Faculdade de Filosofia da Universidade Aristóteles de Salónica, como bolseira da Fundação de Bolsas de Estudo do Estado. Em 2002, obteve o seu doutoramento no mesmo departamento. A sua tese de doutoramento: “Monumental painting in Veria in the 17th century” foi publicada em 2012 pelo Instituto Arqueológico de Estudos Macedónios e Trácios. Após o seu sucesso num concurso pan-helénico (1989), foi admitida no Serviço Arqueológico do Ministério da Cultura. De 1991 a 2010, trabalhou na antiga 11.ª Secção de Antiguidades Bizantinas, responsável pelas prefeituras de Imathia, Pella, Kozani, Grevena, Florina e Kastoria. Desde 2008, é Chefe do Departamento de Sítios Arqueológicos da referida direção. Posteriormente (2010), foi escolhida após um julgamento como Chefe de um nível de Direção e assumiu inicialmente a Direção da antiga 18ª Ephorate of Byzantine Antiquities of Arta – Preveza. De fevereiro de 2012 a abril de 2023, foi Directora do Museu da Cultura Bizantina e, em seguida, assumiu o cargo de Directora Geral do mesmo Museu.
Os seus interesses científicos estão relacionados com questões de arqueologia e arte bizantina e pós-bizantina, principalmente das regiões da Macedónia Central e Ocidental, museologia moderna e administração de organizações culturais. É autora de três monografias, ficheiros educativos para o ensino primário e secundário, numerosas publicações (mais de 70) em revistas científicas, tendo participado em muitas conferências científicas gregas e internacionais.
Participou como autora em publicações colectivas, bem como na redação de entradas de exposições relevantes em catálogos científicos de exposições temporárias. Foi curadora ou co-curadora em mais de quinze exposições temporárias e editora de catálogos científicos de exposições temporárias e de actas de conferências científicas. Organizou ou co-organizou uma série de conferências científicas e participou numa série de projectos europeus e transnacionais co-financiados. Recebeu distinções honoríficas e prémios da Santa Metrópole de Beroia, Naoussa e Campania, do Município de Amyntaio (Prefeitura de Florina), do Comité Especial Internacional para os Meios Audiovisuais (AVICOM) do Conselho Internacional de Museus (ICOM). É membro do Comité Grego de Estudos Bizantinos, da Sociedade Arqueológica Cristã, da Sociedade para o Estudo da História e da Cultura de Imathia e da Associação de Arqueólogos Gregos.